거래처의 위법한 세무조사에서 나온 자료 — 파생 과세와 경정청구 거부 취소

사실관계

• 조사청은 거래처를 비정기 조사하면서 사업장 컴퓨터의 회계자료를 엑셀 파일로 전환해 확보하고, 이를 토대로 거래상대방의 매입세금계산서 과다 수취 관련 과세자료를 통보했습니다.
• 원래 조사대상 거래처에 대한 과세는 국세청 심사청구에서 위법한 자료 수집에 따른 것으로 판단돼 취소됐습니다.
• 거래상대방 일부는 해명 안내 후 부가가치세를 수정신고했다가 경정을 청구했으나 거부됐고, 종합소득세는 필요경비 부인 등을 반영해 별도로 부과됐습니다.

주요 쟁점

① 위법한 세무조사에서 파생된 자료로 거래상대방에게 종합소득세를 부과할 수 있는지, ② 같은 자료에 따라 수정신고한 부가가치세의 경정청구를 거부할 수 있는지 여부입니다.

결정 요약

1. 적법절차 원칙은 조세행정에도 적용되며, 처분에 이르는 일련의 절차에 있는 위법사유가 최종 처분의 효력에도 영향을 미친다고 봤습니다.
2. 문답과 세금계산서 과다발급 파악이 위법하게 확보한 파일에 기초했고, 청구인들에 대한 별도 세무조사도 없었던 점 등을 고려했습니다. 소명·수정신고 기회를 제공했다는 사정만으로 해당 종합소득세 부과를 정당화하지 않았습니다.
3. 수정신고 역시 같은 파생자료에 근거했습니다. 해당 자료를 사용할 수 없는 이상 경정청구를 거부할 적법한 근거가 없다고 보아 부가가치세 경정청구 거부처분도 위법하다고 판단했습니다.
4. 주문은 청구인들에 대한 해당 2019년 귀속 종합소득세 부과처분 및 2018년 제1기~2022년 제1기 부가가치세 경정청구 거부처분을 각각 취소하는 것입니다.

실무 검토 포인트

• 조사대상자로 선정되지 않았더라도 과세자료의 최초 수집 경위와 파생·통보·처분으로 이어진 경로를 확인해야 합니다.
• 해명 안내문, 수정신고서, 경정청구서, 원 조사에 대한 불복결정 등을 연결해 후속 처분의 근거가 무엇인지 검토해야 합니다.
• 문답서나 소명자료가 독립적으로 확보된 것인지, 위법하게 수집된 원자료에 의존하는지도 구분할 필요가 있습니다.
• 종합소득세 부과처분 취소와 부가가치세 경정청구 거부처분 취소를 구분하고, 각 불복·경정청구의 요건과 기한을 확인해야 합니다.